Le origini di Morra de Sanctis sono molto antiche, i reperti archeologici, infatti, ne provano l'esistenza già al tempo della "Cultura di Oliveto Cairano" che si sviluppò tra il IX e il VI secolo a.C. nell'alta valle dell'Ofanto e del Sele. La quantità e la qualità del materiale rinvenuto testimoniano la continuità di un significativo insediamento sannitico; il paese si conferma un sito di importanza strategica anche in epoca romana grazie alla presenza dell'Appia. Nel IX secolo il paese fu presidio fortificato tra i due principati longobardi di Salerno e Benevento, e per la sua posizione strategica sull'Ofanto venne continuamente coinvolto nella guerra tra longobardi, bizantini e saraceni.