La cittadina ha cambiato nome più volte durante la sua storia. Di origine medievale, si chiamava Carbonara, probabilmente per la presenza nel suo territorio di particolari pietre che contenevano petrolio e che bruciavano con fiamma viva come carboni. Assunse il nome di Aquilonia dopo l'Unità d'Italia, nel 1861, in omaggio alla tradizione erudita locale che identificava con il piccolo centro di Carbonara, l'antica città dei Sanniti che oppose, l'ultima resistenza all'espansione romana nel Sud Italia, citata da Tito Livio nella sua opera.